Στο νεφρολογικό τμήμα της Κομοτηνής λειτουργούν τα παρακάτω τμήματα :
1. Μονάδα Τεχνητού Νεφρού (διαθέτει 100 θέσεις αιμοκάθαρσης σε δύο βάρδιες), που λειτουργεί σε τρεις χώρους. Ο πρώτος με 4 μηχανήματα καλύπτει τους ασθενείς φορείς ηπατίτιδας (Β, C) και AIDS, ο δεύτερος (κυρίως χώρος) έχει 17 μηχανήματα (καλύπτει τις βασικές ανάγκες αιμοκάθαρσης της μονάδας) και ένας τρίτος (με 4 μηχανήματα), ο οποίος αρχικά προορίζονταν να καλύψει ανάγκες οξείας αιμοκάθαρσης και σήμερα καλύπτει ότι και ο κυρίως χώρος. Σημειώνεται ότι όλοι οι χώροι που αναφέρθηκαν κλιματίζονται.
Τα μηχανήματα που εξυπηρετούν τους ασθενείς μας (λειτουργούντα σε εικοσιπέντε θέσεις) είναι αιμοκάθαρσης με διττανθρακικά Gambro AK-95 δύο, Gambro AK-200 τρία (με δυνατότητα low HDF), Nikisso DBB-03 δύο (με δυνατότητα on line HF και HDF), Nikisso DBB-05 έξι (με δυνατότητα on line HF και HDF), Fresenius 4008 B τέσσερα (με δυνατότητα HDF), Fresenius 4008 S δύο (με δυνατότητα on line HF και HDF), Gambro HF ένα (για αιμοδιήθηση) και υπάρχουν δέκα εφεδρικά μηχανήματα αιμοκάθαρσης με διττανθρακικά (ΑΚ-10, Fresenius 2008, Fresenius 2008 A). Σε κάθε μηχάνημα αναλογεί και μία πολυθρόνα Bionic με πολλαπλές δυνατότητες ανάκλησης και μεταβολής επιπέδου υποποδίου.
Όλοι οι ασθενείς κάνουν κάθαρση με διττανθρακικά και στη ΜΤΝ γίνονται όλες οι μέθοδοι κάθαρσης (αιμοκάθαρση, αιμοδιήθηση, αιμοδιαδιήθηση, on line αιμοδιήθηση), ανάλογα με τις ανάγκες, ενώ στη ΜΕΘ και αλλού εφαρμόζεται η συνεχής αιμοδιήθηση. Επίσης εφαρμόζεται η αιμοπροσρόφηση στις περιπτώσεις που θα χρειασθεί (ΜΕΘ, Παθολογική Κλινική κ.ά.) και η πλασμαφαίρεση.
2. Εξωτερικά ιατρεία. Το νεφρολογικό τμήμα λειτουργεί 5 Εξωτερικά Ιατρεία (υπεύθυνοι οι Νεφρολόγοι η κ. Γεωργουλίδου Αναστασία, η κ. Ρωμανίδου Γιούλια και ο Μαυροματίδης Κώστας). Πρώτον το ιατρείο Υπέρτασης κάθε Τετάρτη (καλύπτει κάθε φορά 10 τουλάχιστον ασθενείς) με ραντεβού. Σε κάθε νέο ασθενή γίνεται πλήρης έλεγχος αυθημερόν (δηλαδή γίνεται πλήρης κλινικός έλεγχος, ηλεκτροκαρδιογράφημα, ακτινογραφία θώρακα και όταν χρειαστεί υπερηχοτομογραφικός έλεγχος νεφρών). Υπάρχει πλήρης καταγραφή των στοιχείων του ασθενούς (σε ηλεκτρονικό αρχείο), το οποίο είναι διαθέσιμο στον κάθε ασθενή, όταν ζητηθεί. Τα ραντεβού κλείνονται από τη γραμματεία του νοσοκομείου στο τηλέφωνο 25313 51529 και 25313 51332 και υπάρχει λίστα αναμονής περίπου 4 μηνών σήμερα.
Το δεύτερο ιατρείο που λειτουργεί το νεφρολογικό τμήμα είναι αυτό των Νεφρικών Νόσων κάθε Δευτέρα (από την κ. Ρωμανίδου Γιούλια) και από το 2010 και κάθε πέμπτη λειτουργεί με κ. Μαυροματίδη Κώστα το τρίτο ιατρείο (νεφρικών νόσων και υπέρτασης), όπου και πάλι για να εξεταστεί κανείς χρειάζεται ραντεβού (τηλέφωνο 25313 51529 και 25313 51332). Η εξυπηρέτηση περιλαμβάνει ότι και το ιατρείο της υπέρτασης, γίνεται αυθημερόν σε 10 τουλάχιστον ασθενείς κάθε φορά.
Το τέταρτο ιατρείο που λειτουργεί το νεφρολογικό τμήμα είναι αυτό της Περιτοναϊκής Κάθαρσης (κάθε τρίτη και πέμπτη) και εξυπηρετεί τους ασθενείς της (μηνιαίος έλεγχος). Εδώ εκτός από τον κλινικό έλεγχο γίνεται και ο εργαστηριακός (αυθημερόν), χορηγείται σίδηρος ενδοφλέβια (όταν χρειάζεται) και επανεξετάζονται οι οδηγίες του ασθενή που αφορούν στη μέθοδο.
Από τους γιατρούς του τμήματος καλύπτονται όλα τα νεφρολογικά περιστατικά που νοσηλεύονται οπουδήποτε στο νοσοκομείο. Σε περίπτωση που χρειαστεί νοσηλεία κάποιος ασθενής που παρακολουθείται από τα εξωτερικά μας ιατρεία ή κάποιος που είναι σε πρόγραμμα κάθαρσης, αυτή γίνεται στο αντίστοιχο τμήμα του νοσοκομείου (συνηθέστερα στην παθολογική και χειρουργική κλινική).